Как сообщалось ранее, по мнению аналитиков Госдепартамента США, в Российской Федерации некоторые федеральные и местные органы исполнительной власти России ограничивают права и свободы религиозных меньшинств, а Русская православная церковь пользуется явными преимуществами по сравнению с другими религиозными организациями. Госдепартамент США располагает данными, согласно которым спецслужбы, и в особенности ФСБ, рассматривают руководителей религиозных меньшинств как угрозу национальной безопасности.
Кроме того, ФСБ участвует в решении вопроса о выдаче въездных виз религиозным лидерам. Известно, что Московская и другие патриархии заключают официальные и неофициальные соглашения с федеральными органами власти. Это позволило РПЦ глубоко внедриться в школы, больницы, тюрьмы, милицию, ФСБ и армию. На необоснованно особое положение РПЦ указывают многие факты. В качестве примера в докладе говорится о том, как во время ежегодного послания президента в апреле 2005 года патриарх Алексий II занял почетное место между главой правительства Фрадковым и председателем Конституционного суда Зорькиным в первом ряду.
Представители остальных конфессий сидели сзади. Представители РПЦ часто оказывают влияние на выборный процесс как на федеральном, так и на местном уровнях РФ. Вообще взаимодействие между органами государственными власти РФ и РПЦ остается гораздо более тесным, чем с представителями других религий.
Кроме того, во многих российских регионах налицо негативное отношение к мусульманам, отмечают американские эксперты, а антисемиты часто не находят препятствий для демонстрации и пропаганды своих взглядов. Количество мотивированных религиозной нетерпимостью случаев насилия не сокращается. С другой стороны, часто трудно понять, что является причиной того или иного инцидента: ксенофобия, религиозные или расовые предрассудки.
